1865
W Towarzystwie Naukowym Krakowskim (TNK) powstaje Komisja Fizjograficzna (KF) z Sekcją Zoologiczną (inicjator: Maksymilian Siła-Nowicki). Nadsyłane zbiory dowodowe gromadzone są w Gabinecie Zoologicznym UJ przy ul. Św. Anny.
1868
Rozpoczyna się edycja rocznika Sprawozdanie Komisji Fizjograficznej.
1870
KF otrzymuje najwyższą kondygnację budynku „Wężykówki” przy ul. Sławkowskiej na pomieszczenie Muzeum.
1945
Rozwiązanie KF; placówka przyjmuje nazwę Muzeum Przyrodnicze PAU i kierowane jest nadal przez J. Stacha.
1952 – 1953
Po utworzeniu Polskiej Akademii Nauk (i zawieszeniu działalności PAU) część zoologiczna Muzeum Przyrodniczego (wraz z paleontologią plejstocenu) zostaje włączona do Instytutu Zoologicznego PAN w Warszawie jako jego oddział krakowski. Dwa pozostałe działy Muzeum zostały włączone do innych jednostek PAN; zbiory naukowe i księgozbiór zostały rozdzielone na trzy części. W 1953 r. rozpoczęto edycję "Folia Biologica".
1969
Fuzja ZZS, Zakładu Zoologii Doświadczalnej PAN i krakowskiej Pracowni Neuroanatomii Instytutu Nenckiego; powstaje Zakład Zoologii Systematycznej i Doświadczalnej PAN
1989
Decyzją premiera Mazowieckiego podniesiono rangę placówki nadając jej obecną nazwę Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt (ISEZ PAN).